有别于与生俱来的人体“免疫系统”，经济社会运行中的“免疫系统”，需要通过法定的制度安排，通过设置专门履行“免疫系统”职能的政府部门去实现。在现代经济社会中，这一专门履行“免疫系统”职能的政府部门就是审计机关。

把审计机关类比于“免疫系统”，是对现代审计功能的形象概括，也是审计工作思路转型的集中体现。将审计工作的各个环节放置于整个国家经济社会运行的大局中就会发现，审计工作不仅具有使经济社会免于内外部组织和个人侵犯的能力，而且具有不断健全、完善经济社会的各项管理机制并通过机制自动发现和清理不法分子及违法违纪问题的能力，甚至具有对经济社会存在的共性问题进行预测分析，提出预警建议，避免危害加重的能力。上述3种能力，其实就是作为“免疫系统”所具有的3种基本功能，即免疫防御、免疫自稳和免疫监视。

国家经济社会正常运行的一个相当重要的前提，在于政府部门从事的公共管理活动处于健康状态。政府部门从事任何形式、任何内容的公共管理活动，总是要花钱的。要花钱，就要筹钱。筹钱与花钱，这一收一支之间，便构成了政府部门所从事的公共管理活动的一个基础领域—公共财政。公共财政活动同其他领域的公共管理活动有所不同：通过它，可以折射和反映政府部门所从事的所有领域的公共管理活动。牵住了公共财政领域的“免疫”这个牛鼻子，便可以在相当程度上隔断整个公共管理活动沾染各种非规范性疾病的“菌源”，甚至可以切除已经侵入政府部门肌体、对公共管理活动有效运行产生危害效应的“毒瘤”。所以，从保证公共管理活动处于健康状态的目标出发，这几年，审计机关在努力当好“国家公共财政卫士”的同时，始终把审计工作的重点锁定于中央和地方各级财政。无论是中央预决算的执行，还是地方各级预决算的执行，都伴随有审计机关的全程监督。而且，其审计的程度越来越深入，审计的范围越来越宽广。

这些年，通过审计而发现的各种经济领域的违规和违法案件的确不少。然而，当前中国正处于体制转轨的过程，通过审计所揭示出的一系列违规、违法事实，固然有相关责任人甚至犯罪分子自身的因素，但在转轨过程中制度建设跟不上、旧法与新规的转换中存在漏洞以致有机可乘等方面的因素同样不可忽视。对责任人和犯罪分子给予惩处当然是必要的，但是，作为“免疫系统”的审计工作的另一个重要功能，便是预防和防御疾病的侵扰。

由此，从发挥审计工作预防和抵御功能的目标出发，审计机关在提出“以审计促改革”目标的同时，坚持“两手抓”，揭露问题与促进整改相结合。一方面揭露和查处重大违法违规问题，另一方面揭示和反映体制、机制、制度层面的问题。注重从体制、机制、制度层面发现问题，提出审计意见和建议，从而推进体制机制适应市场经济的变革。

审计工作的核心和灵魂，在于将审计的“免疫功能”深入到经济社会运行的整个过程和所有环节。正是认识到全面发挥审计工作免疫防御、免疫自稳和免疫监视等3个方面基本功能的必要性，这几年特别是在2008年四川汶川大地震和国际金融危机发生后，随着国家以及社会援助资金涌向受灾地区和高达4万亿元投资计划的正式启动，审计机关的工作模式发生了深刻的变化，由事后审计扩展至跟踪审计。对灾后重建资金和国家投资资金，审计提前介入，全程监督，实现了事后监督向“免疫系统”功能全面发挥的转型。