长江口深水航道治理工程是一项史无前例的大型复杂河口治理工程。长江口丰水多沙、多级分汊、滩槽交错、潮流径流交互作用，整治难度极大，国内外尚无类似河口深水航道整治的成功经验。

  科研人员经过长期、多学科的联合攻关研究，在基本掌握了长江口水、沙运动及河床演变的基本规律的基础上，创造性地提出了可以选择北槽先期进行工程治理的科学论断，制定了“中水位整治、稳定分流口、采用宽间距双导堤加长丁坝群，结合疏浚工程”的总体治理方案。

  在整治建筑物结构型式和设计方法上，自主开发了长管砂肋和砼联锁块两种压载材料的护底软体排，并首次提出了“根据建筑物整体稳定性要求，按照冲刷坑最大冲深和位置确定软体排宽度”的设计原则，开发了充沙半圆体结构和半圆型沉箱结构两种新型半圆型结构型式，首创性地开发了空心方体斜坡堤结构型式，65.44％的整治建筑物采用新型结构；在世界上首次提出了解决波浪作用下地基土“软化”的工程措施。

  在整治建筑物工程施工技术上，在国内首次采用GPS技术在长江口广阔水域建立一个工程局域控制网，提出并实现了采用GPS与测深仪结合的无验潮水深测量，研制开发了一批新型专用作业船舶，并相应开发了一批新工艺。

  长江口深水航道治理第一、第二期工程连续两次获得詹天佑大奖和国家优质工程金质奖。该工程施工中形成的大型河口治理成套技术，是一、二期工程成功建设的重要保障，是我国河口治理和水运事业的伟大创举，是世界上巨型复杂河口航道治理的成功范例。该技术获得了2007年度国家科技进步一等奖，创新成果多达74项，其中较重大创新有39项。74项中原创19项，引进、消化、吸收后再创新6项，已获得发明专利2项，获实用新型专利9项。另外，该成套技术成果中的大量具体成果已迅速在洋山深水港、黄骅港外航道等一大批重大工程中推广应用，受到国际同行及国内水利、土木等相关行业的极大重视。

  在三期工程施工过程中，为了解决泥沙回淤严重的问题，建设单位在减淤工程措施研究思路、回淤量预测数值模拟技术、疏浚施工工艺和管理手段等方面进行了大胆的创新，实现了航道的快速、稳定增深。这些探索和创新成为打通长江口的根本保证。

  此外，长江口是一个对生态十分敏感的水域，有着独特的生态系统，一旦遭遇严重破坏，其生态环境的恢复必将是艰难而漫长的过程。长江口航道管理局在工程建设中，始终贯彻“保护生态就是保护人类自己”这一理念，注重节能减排、污染防治、节约资源，保护九段沙国家级自然保护区。做到工程建设与自然和谐相处，全力将该工程打造成为生态工程。

  长江口深水航道治理工程前后历时12年，总投资约150多亿元。作为人类探索大自然的一个“力作”，它被《中国国家地理》杂志编入了中国百年地理大发现。如今，一、二、三期工程建设形成的南北槽分流口工程已雄居于江亚南沙沙头，两条约50公里的长堤、19座总长约35公里的丁坝群，已安然横卧在北槽两侧，在进行了3.2亿立方米基建性疏浚后，全长92.2公里，底宽350米—400米，水深12.5米的深水航道已展现于世。长江口深水航道治理工程在先后克服了一期工程航道骤淤、二期工程地基土软化、三期工程局部增深困难等重大工程技术难题，经受住了1998年、1999年两次大洪水和多次热带风暴的严峻考验后终于百年梦圆。