日本是农业小国，农业产值只占GDP的1%；日本同时也是种子大国，其种子不仅能够满足国内使用，还出口世界60多个国家和地区。很多从国外进口到日本的蔬菜、农产品，其实都是日本种子境外种植后返销日本的。

日本最大的粮食品种是稻米。该国拥有560多个水稻品种，其中仅作主食用的就有274种，此外还有酿酒用、饲料用等多种品类。统计显示，日本全国农地面积的49.1%均用于生产水稻，不过绝大部分属于农民自家耕种的小规模农业。日本绝大部分地方都实行了专业育种，经过筛选消毒的种苗质量好，成活率高。

日本拥有不少世界级种子企业。比如，坂田育种公司和泷井种苗公司的蔬菜花卉种子、种苗年销售额均达到2亿美元，分别位居世界第五位、第六位。从世界市场占有率看，坂田种子公司的西兰花占65%、土耳其文金花占75%、三色堇占到30%。泷井种苗公司的圆白菜占印尼市场70%，占泰国市场的50%至60%。该公司生产的观赏用向日葵、叶牡丹占到世界市场70%至80%，主要销往美国、墨西哥、巴西、中国、印度、法国、英国等国家和地区。

日本的农产品、植物种子分为自有使用的普通品种和受到知识产权保护的注册品种两个类型。其中普通品种占多数，如84%的水稻种子、96%的苹果种子、91%的葡萄种子、90%的马铃薯种子都属于普通品种。普通品种主要指祖传品种、未注册品种和已过保护期的注册品种。日本农林水产省的登记目录显示，注册品种主要包括大米、马铃薯、甘薯、大葱、草莓等中的特色品种。根据1991年生效的植物新品种保护国际公约，新开发注册品种的产权保护期为20年，多年生植物的保护期为25年。

在登记品种中，2017年，日本新登记品种994种，其中在国外培育成功的有424种，累计登记品种达33207种。不过，从2007年至今，新登记品种数量整体呈现逐年下降趋势。目前，日本在产权保护期内的品种一共有8331项，其中花草类占63%，观赏树木类占18%，蔬菜类占6%。从知识产权的所有者分类看，种苗公司占56%，个人占25%，都道府县等地方政府占9%。此外，食品公司、农业协会和大学均有受产权保护的品种。

日本的苹果、葡萄、草莓等品种世界知名。上世纪90年代因其国内法制不健全，一款葡萄品种转售给了韩国企业，导致双方竞争激烈。受此影响，日本政府非常重视农业种苗的保护与开发。

2018年6月，日本提出促进农林水产业改革及发展智能农林水产业，提升相关产业附加值，加强知识产权保护；为防止种苗流向海外，将加强对种苗流通系统的监督管理。

近几年连续发生了多起日本动物植物种子走私至国外的事件。为此，去年12月，日本国会通过了《种苗法修正案》，计划于今年4月实施。这一法律规定，种苗开发者在注册时可指定该种苗只许用于国内甚至县市市场，农户或企业使用注册品种时需付费并获得使用许可。违反该项修正案的个人可判处10年以下监禁或1000万日元以下罚金，法人则可处以3亿日元以下罚金，并从民法角度要求其赔偿开发者损失。

不过，《种苗法修正案》也遭到了部分在野党及农民的反对。该法律规定，从2022年4月1日起，农民购买的注册种苗如在下一个种植季节进行自家繁殖，也需获得开发者许可并适当付费。日本政府方面称，此举的目的是为避免自行繁殖种苗流往国外。不过，这毕竟增加了农民负担，本来就正在萎缩的日本农业或将因此受到影响。