由于海洋环境的特殊性，我国沿海水下文化遗产保护仍面临诸多问题。如水下文物盗捞、倒卖等不法行为依然猖獗；随着海洋经济发展，用海项目急剧增多，保护与发展的有序协调愈益困难；水下文化遗产保护涉及文物、海洋、渔业、旅游等诸多部门和利益相关者，有效协调机制尚未完全建立，造成我国沿海水下文化遗产保护、管理和发掘等方面缺乏系统性、规范性的管理。为实现海洋文化遗产保护与海洋经济和谐发展，国家应制定和实施海洋文化遗产普查工程，摸清我国海洋文化遗产的“家底”；完善保护机制，探索建立我国沿海水下文化遗产分类分级保护体系。