1999年3月，身为杭州教师的他辞职，许下“让天下没有难做的生意”的宏愿，以50万人民币创立B2B商务网站阿里巴巴。2003年淘宝的声名鹊起，把中国人推入了网上购物的时代，也让人们记住了这位喜欢演讲的年轻人——马云。
1999年，怀揣着建立最伟大世界互联网公司的梦想，马云和他的团队回到杭州，以50万元人民币创业，开发阿里巴巴网站。他根据长期以来在互联网商业服务领域的经验和体会，明确提出互联网产业界应重视和优先发展企业与企业间电子商务(B2B)，他的观点和阿里巴巴的发展模式很快引起国际互联网界的关注，被称为“互联网的第四模式”。他以“东方的智慧、西方的运作、全球的大市场”的经营管理理念，招揽国际人才，开拓国际市场，同时培育国内电子商务市场，为中国企业构建一个完善的电子商务平台。他倡导诚信电子商务，帮助企业建立网上诚信档案，提高网上交易的效率和成功的机会。他和他的团队创造了中国互联网商务众多第一。
2007年11月6日，阿里巴巴在香港联交所挂牌上市，融资15亿美元，创下了中国互联网公司融资规模之最。
多年来在马云的率领下，阿里巴巴经过几年积累及持续推动，如今“11·11”和“12·12”已经成为中国消费者的主流节日——创意纷繁的网购节。哈佛大学曾两次将他和阿里巴巴经营管理的实践收录为MBA案例。在2002年1月发布的阿里巴巴第二份MBA管理案例，哈佛引用了马云对阿里巴巴的核心价值的阐述——“马云认为阿里巴巴的价值不在于每天的浏览量是多少，而在于能否给客户带来价值。”以此来表明对阿里巴巴迅速发展的认可。
