随着新疆维吾尔自治区经济建设步伐的加快，工业用水、城市用水、石油开发用水都在增加，农牧业开发用水和生态环境用水也在增加。自1998年以来，新疆不断加强河流、湖泊、水库和地下水的保护工作。组织完成了《新疆水功能区划》、《新疆水资源保护规划》及塔里木河干流等6条重要河流水资源保护规划编制工作。《新疆水功能区划》已由自治区批准实施。1999年新疆水利厅成立了取水许可水质监管中心，各地成立了水质监管分中心，加强了对河流、湖泊、水库和地下水水质的监测和管理，组织对全疆16851公里水功能区划河段和1万平方公里灌区面积的地下水动态定期监测，对地下水水源地设立卫生防护带。9个20万以上人口城市供水水源地水质监测月报，定期向水利部报送乌鲁木齐市乌拉泊水库城市供水水源水质情况和地下水通报监测资料。

  新疆生态环境问题，根源是“水”。新疆生态建设和环境保护，关键也是在“水”。新疆平原区降水稀少，不能满足天然植被生长需要，因此发源于山区的地表径流，除了满足山前平原人工绿洲灌溉外，还必须满足维护自然植被用水，所以维护生态用水必不可少，必须得到保护。生态用水的出路在于大力推广节水技术，从节水中产生生态用水。

  新疆高度重视生态保护工作，颁布了《自治区自然保护区管理条例》、《自治区实施〈水土保持法〉办法》等规章和规范性文件，强化了生态和环境的监督管理，使新疆的生态保护工作走上法制化轨道。

  近年来，新疆组织了两次大规模塔里木河踏勘；编制完成了塔里木河规划纲要和塔里木河生态环境保护的抢救工程项目建议书及可研报告，完成了50项包括可研和初步设计工作；完成了《塔里木河水资源和生态环境问题及其对策》的研究报告；制定了塔里木河流域水量调度计划，新疆维吾尔自治区人民政府还与各地（州）共同签订了年度用水计划等。实施了向塔里木河下游绿色走廊生态应急输水工作。根据实测资料表明，连续向塔里木河下游生态应急输水，已使塔里木河下游河道两岸生态开始出现不同程度的恢复，下游沿河水质明显改善，矿化度呈现下降趋势，地下水位有明显回升，河道两侧约800平方公里的胡杨林及各种衍生植物等植被生存条件大为改善，天然植被恢复面积达27万亩。2002年塔里木河全流域开始首次水量统一调度，年度总量控制的目标基本实现。

  为解决农村饮水问题，在国家的大力支持和帮助下，通过各级政府部门和广大群众的不懈努力，截至目前，新疆共投入各类饮水建设资金26.45亿元，共计建成各类水厂3151座，铺设供水管道71516公里，解决了796万人和2933万头牲畜的饮水问题，自治区1115.71万农村人口（2004年底评估数据）到2007年底已有633万人达到饮水安全和基本安全。由于新疆特定的自然环境和工程建设成本大，投入相对不足等原因，目前仍有482.71万人未能解决饮水安全问题。

  在饮水工程建成受益的地区，极大地方便了群众，改善了生活质量，促进了农牧业生产，加快了脱贫致富的步伐。人民群众的健康状况较以前大为改善，精神面貌也发生很大的变化，农牧民群众劳动热情更加高涨。

  如何把农村饮水安全这件实事办实、办好，新疆进一步拓宽投资渠道，多方增加投入，要求地县（市）两级配套资金不应低于自治区下达计划资金的10％，同时引导和组织好受益群众投入人力、物力、财力进行建设。

  今年3月15日，新疆又拉开了大规模开发南疆地下水资源的序幕。据介绍，塔里木盆地拥有丰富的地下水资源，盆地内现有1.78万眼配套机电井，远不能满足当地粮食生产的需求。从今年起，自治区财政安排专项资金用于南疆新打和配套机电井的补助。今年，南疆五地州要新建配套机电井1949眼。目前首批1亿元资金已基本到位。