此前，CRISPR基因编辑技术因其巨大的商业价值曾引发专利大战。其中最引人注目的是张锋所在的博德研究所与加州大学伯克利分校之间的专利之争。由于这两家机构的专利范围广，对CRISPR-Cas9的大多数商业应用至关重要。
其中，加州大学伯克利分校提出的专利是不限于任何环境的CRISPR-Cas9系统，博德研究所的专利主要为真核生物环境中的CRISPR-Cas9系统。
美国专利商标局专利审判和上诉委员会曾于2017年作出关键裁决：麻省理工学院—哈佛大学—博德研究所的专利，与加州大学伯克利分校的发现并不“冲突”，博德研究所可以保留其在真核生物中使用CRISPR-Cas9的专利。之后，加州大学伯克利分校提起上诉，2018年，联邦巡回上诉法院维持判决。
博德研究所的胜利，是因其专利提出的一个关键区别：专利指定了CRISPR在真核细胞中的特殊应用，而伯克利的专利却没有。这就是为什么美国专利商标局裁定博德研究所的专利不会干扰伯克利的专利，因此可以保留。法官们认为，在张锋之前没有研究人员能够绝对确认CRISPR能用于真核细胞（人类细胞等）。因此，张锋研究团队的发明并非简单的扩展。而真核细胞的基因编辑领域是CRISPR最有“钱”途的应用。例如，可以通过基因编辑产生新的农作物，或是将基因编辑用于人类疾病治疗。
值得一提的是，专利判决并不会影响CRISPR-Cas9技术在科研领域的应用。博德研究所方面称，全世界的科研人员都可以使用该技术开展学术研究，但厂商必须付费使用。
