◎1996年，按照水利部要求，黄河水利委员会成立黑河管理局筹备组。1999年，中编办批准成立水利部黄河水利委员会黑河流域管理局，负责黑河水资源统一管理与调度。2000年1月，黑河管理局在兰州正式挂牌办公，同年开始组织实施黑河干流水量统一调度。
◎水利部于2000年颁布实施《黑河干流水量调度管理暂行办法》，对统一调度原则、权限、监督管理等作了初步规定。
◎2001年2月，国务院总理办公会议专门研究黑河治理问题，同年8月国务院批复《黑河流域近期治理规划》。
◎2002年7月17日，黑河水头到达东居延海。2003年9月24日，黑河水头到达西居延海，当年成功实现国务院制定的黑河分水目标：即当莺落峡断面多年均值来水15.8亿立方米时，正义峡断面下泄水量指标，由2000年的8.0亿立方米增长到2001年的8.3亿立方米、2002年的9.0亿立方米、2003年的9.5亿立方米。
◎2004年起，从应急调度转入常规调度，调度时间由半年调度转为全年调度，黑河管理局提出了“两个确保”的年度调度目标，即“确保实现国务院分水指标，确保东居延海进水”。
◎2009年5月13日，水利部以部长令形式颁布《黑河干流水量调度管理办法》，为巩固、扩大黑河水量统一调度成果提供了法规保障。
◎2016年，黑河管理局加强了冬灌用水管理和春季融冰开河水量调度管理，实现春季下游东、西河两次全线过水。
