国际货币基金组织的报告同时也提到，撒哈拉以南非洲地区的经济发展依然面临诸多来自外部和内部的挑战。

从国际上看，国际金融危机后各主要发达国家经济恢复缓慢，西方债务危机导致全球经济持续动荡，西方消费市场萎缩。这也导致撒哈拉以南非洲地区出口下滑，增长速度放缓；与此同时，这一地区很多国家也面临着通货膨胀压力。这些压力主要是由全球食品和燃料价格上涨所致，其中城市贫困人口所受影响尤其严重。另一方面，面对通胀问题，该地区国家的应对手段有限，只有少数国家提高了政策利率。

挑战也来自于该地区部分国家自身经济的脆弱性以及受自然灾害的冲击。现在外界普遍关注的是这一地区的经济增长成果是否会面临政治方面的挑战：一旦爆发政治动乱，本地区的经济发展很可能因此滞缓甚至倒退；国际恐怖主义势力向非洲大陆的渗透也受到关注，这些地区的国家，一旦国内政策向反恐的倾斜过多，将使其不能全神贯注于国内经济建设，从而也对其经济发展造成不利影响。

财政赤字居高不下也成为本地区很多国家正在面临的问题。2009年至2010年，由于经济增长减缓，该地区多数国家实行了扩张性的财政政策，尽管2011年至2012年增长前景强劲，许多国家的赤字仍将扩大。预计2011年至2012年，该地区国家的财政赤字仍将高企，也会对其经济发展造成影响。

撒哈拉以南非洲地区各国还普遍面临经济发展中结构性问题的挑战：各经济体的增长率正处于或接近多年来的最高水平，一些发展中的瓶颈问题正在或者可能出现。以基础设施方面的瓶颈为例，完善的基础设施资源是经济发展的基础，但从目前的情况看，撒哈拉以南非洲地区各经济体薄弱的基础设施水平已经无法承载当地经济发展的需要，很多投资本地区的外资企业都要先行进行配套基础设施建设，才能保证各类投资项目的顺利进行，脆弱的基础设施日益成为本地区实现持续经济增长的瓶颈和障碍，提高基础设施尤其是跨境基础设施建设需要政府持续的财政投入和其他国家的对非援助支持。

国际货币基金组织有关专家指出，要解决这些问题，保证地区经济的快速增长，需要撒哈拉以南非洲地区国家针对自身情况采取相应对策：一些低收入国家需要考虑收紧货币政策以控制通胀压力；对于那些经济增长强劲但却维持高财政赤字的国家，应当将政策重点放在警惕财政赤字过高这个问题上；增长缓慢的国家（主要是中等收入国家）应继续实行支持宏观经济的政策。国际货币基金组织有关专家也指出，非洲经济发展虽然还面临着例如确保经济增长具有包容性、金融部门的深化改革、经济发展层面的有效监管、地区经济一体化等问题，但是只要善于借鉴新兴国家的发展成果并因地制宜地加以应用，依然拥有广阔的发展前景。