申请签发ECFA原产地证的流程，包括提交纸质材料、调查、审批、缴费、领取注册、备案登记证等。其中，企业注册应提交的纸质材料有:《原产地申报企业注册/备案登记申请书》一式两份，《企业法人营业执照》正本复印件，《组织机构代码证》正本复印件，有进出口经营权的企业须提供有关证明材料《资格证书》或《批准证书》或《对外贸易经营者备案登记表》正本复印件，相关复印件需加盖公章，同时交验原件，申领员（手签员）注册申请表，《产品成本明细单》及原料发票等。

ECFA原产地证书的填制需要注意相关问题。比如，证书应以简体中文字填写，必要时辅以英文（如货品品名等），但不能仅以英文填写；一份原产地证书对应一份进口报关单上申报的货物，不得超过20项；生产商或出口商自原产地证书签发之日起，将与原产地有关的证明文件至少保存3年；另外，要注意ECFA原产地证书的有效期，证书自签发之日起12个月内有效。

企业应在办理ECFA货物通关手续时向海关主动申报，申请其进口货物为原产地货物，提供出口方签证机构签发的有效的ECFA原产地证，才能享受相关优惠；ECFA原产地证书是事前申请，如需变更证书的内容，企业可向检验检疫机构申请签发“补发”原产地证，同时须退回原证书；原产地证书是否随货物出口，由货物出口商与进口商自行约定。