1、进口关税税率的确定

关税同盟统一进口税率以俄现行税率为蓝本，并对约18%的税率略有调整——上调350种，下调1500种。关税同盟对进口商品税率的调整采用三分之二多数投票原则。三国所占表决权重为：俄罗斯占56%，白俄罗斯、哈萨克斯坦各22%，即俄占主导地位。

对俄而言，由于白哈两国的关税标准向俄罗斯看齐，俄罗斯80%的商品关税没有变化，统一税率比俄现行税率总体下降约1%。俄罗斯利用此次关税调整机会，对一些进口关税低于邻国的商品大幅提高关税，使其价格超过国内同类产品。

对白俄罗斯而言，白俄罗斯约74.6%的税率与俄罗斯现行税率相同，因此白俄罗斯上调比重仅占6.7%。

而哈萨克斯坦则在三国中受统一进口税率的影响最大。俄哈最初税率重合度仅为36%，哈因此需上调5044种商品的进口税率，使哈平均进口税率总体上涨了一倍。考虑到哈国生产企业的实际情况，哈可以分阶段与统一税率接轨，并为药品、医疗器械、塑料制品、铁路机车等400多种商品申请了为期一至四年的“过渡期”。

2、进口关税、增值税、消费税的征收

对来自非关税同盟成员国的第三国进口货物在货物报关口岸征收统一进口关税、增值税和消费税。

对于关税同盟成员国而言，由于哈萨克斯坦部分商品与统一税率接轨存在“过渡期”，俄哈边境在2011年7月1日前仍将保留海关，完全取消关境后，成员国内部免关税，只由税务机关征收增值税和消费税。增值税税率不搞一刀切，由各国自行决定。2010年三国增值税率分别为：俄罗斯、白俄罗斯为18%，哈萨克斯坦为12%。消费税率目前根据不同商品，仍按各国现有规定征收，将来是否统一还有待研究。

3、进口关税、增值税、消费税的分配

对于进口关税的分配，是关税同盟成员国关注的焦点。由于俄罗斯的GDP总量是哈萨克斯坦的14倍、白俄罗斯的34倍，俄希望同盟建立后，能带来更多的关税收入。按俄罗斯方面的最初设计，俄在进口关税收入中应占份额为93%，白俄罗斯和哈萨克斯坦各占3.5%。直至2010年3月，俄白哈三国才最终就进口关税收入分配比例达成一致，并经由关税同盟委员会通过。按照这一正式方案，俄罗斯将分得进口关税总收入的87.97%，哈萨克斯坦占有7.33%，白俄罗斯占有4.7%。

关税同盟内对于增值税、消费税收入的分配实行先征后退。进口商自成员国进口时，向本国政府缴纳增值税、消费税，而出口商凭出口单据向本国政府申请退税。