2010年3月14日，长江口深水航道治理三期工程顺利通过了交通运输部组织的交工验收，12.5米深水航道进入试运行，这标志着我国最大的水运工程,也是世界级的大型河口治理工程实现了治理目标。

按照“一次规划，分期建设，分期见效”的治理思路，自1998年以来，历经12个年头，国家先后投资156亿元，相继实施长江口深水航道治理一、二、三期工程。经过治理，长江口通航水深从7米提高到目前的12.5米，总疏浚土方3.2亿立方米，如果按照1立方米的土堆依次排列，可整整绕地球8圈。通航船舶由以前的2万吨级船舶乘潮通航，到目前第三、四代集装箱船和5万吨级船舶全潮双向通航，同时兼顾第五、六代大型远洋集装箱船和10万吨级满载散货船及20万吨级减载散货船乘潮通航。

打通长江口深水航道，对充分依托长江黄金水道的优势，进一步完善长江三角洲港口布局，促进长江流域港口格局调整，完善沿江产业布局，不断提升长江黄金水道服务经济社会发展的能力和水平；对构建长江江海联运大通道，形成长江水运大物流，充分发挥水运运能大、成本低、安全、环保、节能等优势，推进发展现代交通运输业具有重要意义。

长江口航道治理工程的全面建成，显著改善了长江口的通航条件，大大提高了航道的通过能力，极大地释放了长江口航道的运输潜能，改善了船舶安全航行的条件，提高了大型船舶的营运水平，产生了巨大的经济和社会效益。

长江口深水航道水深从7米增深到12.5米，船舶平均每航次可以多装载50%—110%，以通过长江口深水航道的大宗散货、石油及制成品、集装箱3大类货种的运输船舶做出的初步计算，因运输费、中转费和中转损失减少产生的直接经济效益，在12.5米深水航道开通的第一年将达到152亿元，2015年以后，每年产生的直接经济效益可以达到196亿元。长江口深水航道建设，为长江口货物运输量的迅速增长提供了航道水深保证，促进了上海港吞吐量的迅速增长，为上海国际航运中心建设发挥了重要的支撑作用。2000年上海港吞吐量为2亿吨，2009年达到4.9亿吨，增长1.5倍；集装箱由561万标准箱增长到2500万标准箱，增长3.5倍。目前上海港的货物吞吐量已稳居世界第一，集装箱吞吐量稳居世界第二。同期，上海国际航运中心的北翼——江苏沿江港口吞吐量由1.7亿吨增加到8.2亿吨，增长3.9倍，集装箱吞吐量由68.8万标准箱增长到568.3万标准箱，增长近7.3倍。