2009年5月国务院颁布的《关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》指出，“在现有海关特殊监管区域政策的基础上，进一步探索在福建沿海有条件的岛屿设立两岸合作的海关特殊监管区域，实行更加优惠的政策”。根据这一精神，福建省委、省政府在深入调研的基础上，在2009年7月省委八届六次全会上正式作出了设立平潭综合实验区的决定，提出要努力把平潭建设成为探索两岸合作新模式的示范区、海峡西岸经济区科学发展的先行区和现代化的新兴海岛城市。目前，这个承载了福建人民殷切期望的综合实验区正待扬帆起航。

  平潭县县长陈文波近日在北京对记者表示，设立平潭综合实验区，有利于在推进两岸区域合作中率先示范，积累经验；有利于完善海西沿海发展布局，促进区域协调发展；有利于构建服务和辐射周边地区新的对外开放通道。随着海西战略的全面推进、平潭基础设施的逐步完善，推进平潭综合实验区建设的条件已经基本成熟。福建省委提出要努力把海峡西岸经济区建设成为科学发展的先行区和两岸人民交流合作的先行区，地处海西前沿的平潭，是海西发展的最佳突破点，设立平潭综合实验区，对完善以厦门和平潭为重点的海西“两点一线”发展布局，带动福建沿海一线协调发展具有重要意义。