作为国家在科学技术方面的最高咨询机构，中科院在实施知识创新工程的过程中，围绕国家经济社会的全面、协调、可持续发展和科技重大战略开展咨询评议工作。4年来，先后完成近60份咨询报告呈报国务院和有关部门，比较准确地把握了国家战略需求，体现了高层次、前瞻性、战略性、针对性和可操作性，为国家有关部门的决策提供了重要参考。

  中科院紧密结合国家重大战略需求，加大了能源发展战略咨询工作力度。立足我国21世纪上半叶能源需求与供应，针对我国未来30年能源发展状况，组织了“我国能源可持续发展若干重大问题研究”咨询项目，完成了“我国中远期石油补充与替代能源的发展战略咨询研究报告”和“我国大规模可再生能源基地与技术的发展研究咨询报告”。结合国家能源长远需求，围绕能源结构的调整，组织完成了“21世纪上半叶我国能源可持续发展体系战略研究”咨询报告。大力倡导节能和能源合理利用，完成了“我国节能情况调研和对策的建议”、“关于加强煤层气和炼焦气资源科学回收和安全利用研究的建议”等专题咨询报告。

  中科院重视与和谐社会建设相关的咨询研究，完成大量气候变化、生态与环境、人口与健康、科学教育等领域咨询。针对应对气候变化及节能减排问题，组织完成了“关于气候变化对我国的影响与防灾对策建议”、“关于我国应对气候变暖与国际温室气体减排行动的建议”等咨询项目。围绕与经济建设和社会发展息息相关的重大工程的环境效应、环境污染与治理、水资源的合理开发与利用等重大问题，完成了“长江上游地区生态安全问题”、“关于黄河下游滩区安全和发展的对策与建议”、“新疆地下水地表水联合开发利用”等咨询项目。针对人口与健康领域的现实和长远发展问题，组织完成了“关于我国艾滋病疫苗研发策略的建议”、“关于我国中西医结合医学发展的若干问题和建议”、“我国现行医疗体制改革的建议”等咨询项目。

  中科院针对国家最紧迫需求建言献策，为国家采取应急措施提供科学依据和科技支撑。针对2008年年初我国南方大部分地区遭遇的大范围持续性的低温雨雪冰冻复合型特大自然灾害，地学部迅速组织完成了“建立国家应急机制，科学应对自然灾害，提高中央和地方政府的灾害应急能力”咨询报告和“建设地球系统模拟网络平台，提高应对灾害的宏观调控能力”院士建议，得到国家有关领导的高度重视，并批转有关部门研究落实。针对2008年5月12日四川汶川大地震重大自然灾害，相关学部院士紧急围绕抗震救灾和灾后重建等系列问题，为国家提供咨询意见和建议。针对抗震救灾工作中最紧迫的堰塞湖和灾后重建等问题在一周内向国务院紧急提交了7份院士建议，其中《关于紧急启动“水下爆炸夯实堰塞湖松散堰体工程可行性论证”的建议》立即得到采纳。

  中科院还为服务区域经济社会发展提供了卓有成效的咨询。为促进新疆维吾尔自治区可持续发展，先后组织了“新疆生态建设与可持续发展”、“新疆地下水地表水联合开发利用”和“新疆可食植物资源药用研究开发”等咨询项目，为自治区长远发展提供了具有前瞻性、科学性的决策依据。为使咨询成果更好为地方发展服务，以咨询项目为纽带，组织开展了“天山南北院士行”科技主题活动，受到新疆维吾尔自治区政府高度重视。针对湖北省中长期发展战略，围绕发展绿色农业及建设湖北现代绿色农业中心、加快建设武汉中国光谷、建设武汉现代制造业中心以及建设武汉现代物流中心等4个方面，向国务院报送了“促进‘中部崛起’战略————建设武汉经济发展圈”咨询报告，提出了具体的措施和建议。